O založení kostela na Křemešníku vzniklo několik pověstí. Jedna vypráví příběh pelhřimovského měšťana Matouše Chejstovského, který prý roku 1555 při cestě přes křemešnické lesy spadl do opuštěné štoly po dolování stříbra. Ve strachu, že v díře zahyne, modlil se k Nejsvětější Trojici a učinil slib, že pokud bude zachráněn, vystaví na vrcholu Křemešníka kapli, což také učinil.
Dřevěná kaplička Matouše Chejstovského, zasvěcená Nejsvětější Trojici, stála na Křemešníku téměř sto let, v roce 1652 byla nahrazena kamennou stavbou. Protože však ani tato kaple nestačila rostoucímu počtu poutníků, byl na tomto místě vystaven zděný chrám v podobě tříramenného kříže s trojbokým oltářem.
Jiná varianta této pověsti je kladena do doby o téměř století pozdější, na počátek třicetileté války, nicméně i tato zmiňuje konšela Matěje Chejstovského jako zakladatele kostela na Křemešníku. V té době drancovala celý kraj švédská vojska, kterým radil zrádce, prý bývalý pelhřimovský rychtář. Lidé utíkali do hlubokých lesů, a tam hledal úkryt také konšel Matěj Chejstovský. Když však pátral po nějaké jeskyni, kde by přespal, zabloudil rovnou mezi loupežníky, kteří si u ohně dělili uloupenou kořist. Ti ho svázali a ztýrali až do bezvědomí. Potom utekli a Chejstovský se probral z mrákot.
Z vděčnosti za záchranu života se rozhodl postavit na Křemešníku kostel. Když se však chtěl vrátit zpět a vyprávět své zážitky rodině, od Lejšovky viděl, že je celé město v plamenech a u bran se bojuje. Císařské vojsko porazilo a zahnalo Švédy. Teprve poté se Chejstovský dostal ke své rodině a s úžasem zjistil, že jeho dům zůstal jako zázrakem uchráněn.
O založení poutního místa na Křemešníku vypravuje křemešnická pamětní kniha započatá roku 1763 P. Josefem Néumannem, prvním zde sídlícím kaplanem, odkazuje na pelhřimovský městský urbář z roku 1750, kde je uveden jako rok postavení dřevěné kaple 1555. Roku 1651 byla dřevěná stavba stržena a postavena znovu, tentokrát již z kamene, jak o tom podává svědectví latinský nápis nad východními dveřmi:
„Za panování Ferdinanda III., za arcibiskupa Arnošta z Harrachů kostel tento Nejsvětější Trojice položením základního kamene důstojným pánem Norbertem z Amelunx, opatem želivským založen a na to po odstranění staré dřevěné kaple nový nákladem města Pelhřimova vystavěn. Roku 1651 dne 24. září.“
V letech 1710 - 1720 vznikl poutní kostel, k němuž byly r. 1734 přistavěny ambity. Po přestavdě r. 1750 kostel vysvětil pražský světící biskup A. Vokoun. Chrám je vystavěn jako trojlodní s příčnou lodí na východě, závěr je tvořen třemi rameny, podobně i oltář nese symboliku Nejsvětější Trojice - je trojboký, takže je možno při něm sloužit tři mše svaté zároveň.
@ Muzeum Vysočiny Pelhřimov.